La actitud de las autoridades federales, magistrados de los Tribunales Colegiados y jueces de Distrito es calificada por la defensa como de "rigorista", que al amparo de un precepto legal de inferior jerarquía no cumple con la fracción V del artículo 20 de la Constitución: la admisión de pruebas a todo acusado en un proceso penal.

En el juicio, que ya lleva casi tres años, la defensa ha promovido en más de 20 ocasiones amparo contra sendos actos del juzgado que impide la realización de pruebas.

La justicia federal ha considerado que esas violaciones son de carácter procesal y sólo se pueden reclamar después de una sentencia condenatoria y si el juzgado se basó para ese dictamen en los puntos que no pudieron rebatirse, según la Ley de Amparo.

Con este argumento, los jueces y magistrados han desechado los amparos, contra la afirmación de la defensa de que la admisión de pruebas está plasmada en la Constitución.

El amparo que se solicitó contra la formal prisión fue calificada de "contradictoria", pues las autoridades federales consideran que sí hubo irregularidades, pero también que se "presume" la responsabilidad de Medina Millet.

La defensa hizo notar que el expediente analizado en este punto es el "fabricado" por la familia Abraham y la Procuraduría, en el que a Medina Millet no se le dio oportunidad de defenderse y no se habían detectado las irregularidades y omisiones.

La Comisión Nacional de Derechos Humanos intervino, en mayo de 1996, con un equipo encabezado por Raúl González Pérez, actual fiscal especial del caso Colosio. A partir de la investigación, la CNDH emitió la Recomendación 63/96 al gobierno del Estado, en la que pidió, entre otros, los siguientes puntos:

1) Llevar al cabo una averiguación previa que determine quién alteró fechas y horas en distintas pruebas y su consignación posterior.

2) Averiguar y denunciar, en su caso, por qué no se agregó al expediente una prueba que confirma que Medina Millet no disparó arma de fuego.

De estas irregularidades aún no hay respuesta oficial, es decir, no se inició ninguna averiguación para castigar a los responsables de esos cambios que perjudican a Armando Medina.

La Comisión intervino a solicitud de Medina Millet y, unos días más tarde, el denunciante Abraham Dáguer se unió a esa queja porque consideró que también se cometieron irregularidades en perjuicio de la averiguación por el fallecimiento de su hija Flora Ileana.

La defensa consideró que, aunque la CNDH se basó en un expediente alterado, su recomendación fue adecuada, pues puso de relieve las irregularidades cometidas.