Salud

Detecta variantes en circulación; con un algoritmo se puede rastrear el SARS-CoV-2

viernes, 8 de julio de 2022 · 00:00

MADRID (EFE).— Analizar las aguas residuales es la forma más barata, rápida y precisa de detectar un aumento de casos de Covid-19. La mayoría de los métodos considera a todas las variantes de SARS-CoV-2 como una sola, pero “Freyja” va a cambiar las cosas.

Con una pequeña cantidad de aguas residuales sin tratar, el algoritmo determina con precisión cuántas variantes del virus circulan en la población e identifica las nuevas hasta 14 días antes en comparación con las pruebas clínicas tradicionales.

De hecho, los desarrolladores de “Freyja” —expertos de Scripps Research y la Universidad de California en San Diego, en colaboración con San Diego Epidemiology and Research for Covid Health— detectaron a ómicron en aguas residuales de San Diego once días antes de que se notificara clínicamente por primera vez.

“Freyja”, cuyos detalles se describen en una publicación de ayer en “Nature”, ya se usa en muchos laboratorios de salud pública y servicios de vigilancia. “En muchos sitios, la vigilancia clínica estándar de las nuevas variantes no solo es lenta, sino también extremadamente costosa”, dice Kristian Andersen, inmunólogo del Scripps Research y autor principal del estudio.

“Con esta nueva herramienta se puede tomar una muestra de aguas residuales y básicamente hacer un perfil de toda la ciudad”.

“Es un reto tomar todos estos pequeños trozos de virus que flotan en las aguas residuales y averiguar cuáles son de las diferentes variantes”, admite Joshua Levy, investigador posdoctoral de Scripps y coautor del artículo con Smruthi Karthikeyan de la UC San Diego.

Muchas variantes del SARS-CoV-2, incluidas ómicron y delta, se diferencian por un pequeño número de mutaciones, pero estos cambios pueden influir en la forma en que el virus se propaga e infecta a las personas.

Para el estudio, Levy desarrolló una biblioteca de “códigos de barras” que identifican las variantes del SARS-CoV-2 basándose en pequeños fragmentos de su ARN que son exclusivos de cada variante.

Después, desarrolló una nueva herramienta informática que contenía todos los códigos de barras: era “Freyja“” un programa fácil de usar y gratuito.

“Si tienes un laboratorio que ya puede secuenciar una muestra de aguas residuales, estás listo: solo tienes que ejecutar este código y en otros veinte segundos habrás terminado”, afirma Levy.

Para probarlo, los investigadores aplicaron “Freyja” a las muestras de aguas residuales y compararon los resultados con los datos clínicos recogidos en los alrededores de San Diego.

Descubrieron que la herramienta detectaba variantes preocupantes, como alfa, delta y ómicron, hasta catorce días antes de que se notificaran clínicamente.

La variante Mu (B.1.621) se encontró en las aguas residuales de la UC San Diego el 27 de julio de 2021, cuatro semanas antes de su primera detección clínica en el campus.

Y con muestras más recientes que las usadas para el estudio, el equipo también logró hallar la variante ómicron en las aguas residuales de la planta de tratamiento de Point Loma, el 27 de noviembre de 2021, once días antes de su detección clínica en la ciudad.

Los investigadores creen que esta estrategia podría utilizarse para rastrear otros patógenos.

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